扩展和全基因组测序在追踪麻疹和风疹病毒传播中的作用:2017 年全球麻疹和风疹实验室网络会议报告

报告地区:加拿大
发布时间:2018年02月09日
2017 年全球麻疹和风疹实验室网络会议报告,扩展和全基因组测序在追踪麻疹和风疹病毒传播中的作用 麻疹和风疹缺乏地方性基因型是验证消除疾病传播的基本标准。 1 麻疹和风疹的分子监测得到了世卫组织全球麻疹和风疹实验室网络 (GMRLN) 的支持,作为确定暴发特征和追踪这些病毒传播的一种手段。 GMRLN 已经定义了用于对麻疹和风疹病毒进行基因分型的基因组靶序列,这些序列被提交给由英国公共卫生部维护的两个全球数据库 MeaNS 和 RubeNS2。事实证明,病毒的遗传特征是追踪麻疹和风疹全球传播以及记录消除或持续地方性传播的一种非常有效的方法。对于麻疹病毒,GMRLN 建议对编码 COOH 末端 150 个氨基酸的核蛋白 (N450) 的 450 个核苷酸 (nt) 进行测序,作为基因分型的主要目标,以及血凝素 (H) 基因的整个编码区 (1854 nt ) 作为次要目标 (图 1a)。这些目标识别出 24 种麻疹基因型(A、B1、B2、B3、C1、C2、D1、D2、D3、D4、D5、D6、D7、D8、D9、D10、D11、E、F、G1、G2、G3 , H1 和 H2)。风疹病毒基因分型的标准目标是 E1 蛋白内的 739 nt 序列(图 1b)。风疹病毒分为进化枝 1 和进化枝 2 2 个进化枝,包括 12 个基因型(1B、1C、1D、1E、1F、1G、1H、1I、1J、2A、2B 和 2C)和 1 个临时基因型(1a)。...
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